새 모듈을 Perl로 작성하고 기존의 모듈을 유명한 언어를 사용해서 구성할 수 있게 해주는 Apache 모듈 mod_perl도 DSO로서 컴파일할 수 있다. 이를 위해서는 mod_speling의 경우처럼 apxs를 사용해야 한다. 그러나 mod_perl은 단일 모듈에 비해 훨씬 복잡하고 컴파일 시 외부 정보에 크게 의존하기 때문에 독립 Perl 모듈과 비슷하게 perl Makefile.PL 다음에 make, make test, make install을 입력하여 구성 및 컴파일 해야 한다.
기존의 Apache 버전에 새 버전의 mod_perl을 컴파일하려면 다음과 같은 명령을 사용한다.

perl Makefile.PL \
USE_APXS=1 WITH_APXS=/usr/local/apache/bin/apxs

동적 내용 생성용의 기본 PerlHandler 외에 다양한 Apache 핸들러 전체에 대해 mod_perl을 가동하고 싶다면 EVERYTHING 스위치를 적용한다.

perl Makefile.PL \
USE_APXS=1 WITH_APXS=/usr/local/apache/bin/apxs \
EVERYTHING=1

이와 같이 Makefile을 생성했으면 아래의 명령으로 기존의 Apache 서버에 mod_perl을 컴파일하고 설치할 수 있다.

make
make test
make install

이 방법은 mod_perl의 새로운 복사본을 Apache에 설치하는 경우 뿐 아니라 기존 복사본을 업그레이드할 때도 효과적이다. 그런다음 서버의 주소와 포트 번호로 telnet 연결하고 아래와 같이 명령을 내려 mod_perl이 서버에 컴파일되었는지 확인할 수 있다.

HEAD / HTTP/1.0

그러면 서버에서 / 문서와 연결된 HTTP 헤더가 반환된다. 이 때 무엇보다도 운영되는 서버의 종류를 가리키는 'Server' 헤더가 중요하다. mod_perl은 이 출력 문자열에 태그를 추가하므로 아래와 같은 출력을 보게 될 것이다.

Server: Apache/1.3.22 (UNIX) mod_perl/1.24

mod_perl의 업데이트가 Apache와 다른 간격으로 이뤄지지 때문에 이렇게 mod_perl을 설치하고 업그레이드하는 방법은 상당한 효과를 갖는다.